Die Verordnung regelt den Vollzug des Binnenschifffahrtsrechtes des Bundes sowie die Benützung der luzernischen Gewässer durch Schiffe und legt die Zuständigkeiten fest. Einige der Änderungen betreffen vor allem den Sempachersee. Mit verschiedenen Massnahmen soll die Verträglichkeit der Schifffahrt für diesen See und die nicht motorisierten Seebenützerinnen und -benützer verbessert werden. Daher sind Schiffe mit festen Aufbauten von mehr als 1,5 Metern Höhe über der Wasserlinie (bisher galt eine Längenbeschränkung von 5,5 Metern) sowie einer maximalen Antriebsleistung von mehr als 70 kW (100 PS) nicht mehr erlaubt. Die heute zugelassenen Schiffe mit einer höheren Antriebsleistung können übergangsweise weiterhin betrieben werden, bis entweder der Motor oder das ganze Schiff ersetzt werden müssen.

Aus dem gleichen Grund wird in der neuen Verordnung das gewerbsmässige Wasserskifahren
und Wakeboarden untersagt. Für Private ist dies weiterhin möglich. Nicht mehr erlaubt ist
hingegen das Drachensegeln (Kitesurfen) auf dem Sempachersee. Die Zahl der Zugboote
zum Wasserskifahren bleibt auf 50 beschränkt und die dazu notwendige Spezialbewilligung
wird jeweils für ein Kalenderjahr ausgestellt. Zudem gilt auf dem Sempachersee weiterhin ein
Kontingent von 400 Booten mit Verbrennungsmotor. Die vom Regierungsrat im Sommer
2008 in die Vernehmlassung gegebene Lockerung dieses Kontingents wurde von den meisten
Teilnehmenden der Vernehmlassung verworfen. Die Anzahl der Boote mit Elektromotor
ist nicht beschränkt.

Zulassungsbewilligungen auf Sempacher- und Hallwilersee
Die Verordnung regelt überdies die Zulassungsbewilligung. Neu lautet die Bewilligung auf die
im Schiffsausweis eingetragene Person und ist nur in streng geregelten Ausnahmen übertragbar.
Wird ein Schiff ausser Verkehr gesetzt und nicht innert eines Jahres durch ein neues
ersetzt, verfällt die Zulassungsbewilligung.
Für den Sempacher- und den Hallwilersee wird eine Warteliste für Schiffe mit Verbrennungsmotor
geführt. Wer auf Rang 1 aufrückt, muss innerhalb von sechs Monaten von der
Bewilligung Gebrauch machen, sonst verfällt der Anspruch. Zudem haben Personen mit
Wohnsitz im Kanton Luzern bei der Vergabe frei werdender Plätze Vorrang, was gemäss
Bundesgericht nicht gegen das Gebot der Rechtsgleichheit verstösst.

Tempo-10-Zone in der Horwerbucht erweitert
In der Luzerner Seebucht sowie in der Horwerbucht wird die heutige Regelung der erweiterten
Uferzonen über die 300 Meter Uferabstand hinaus übernommen. Die Gemeinde Horw
hat im Vernehmlassungsverfahren gefordert, die Tempo-10-Zone in der Horwerbucht bis zur
Kantonsgrenze Hergiswil zu erweitern, um das neu erstellte Naturschutzgebiet entlang der
Autobahn zusätzlich zu schützen.

Die neue Schifffahrtsverordnung enthält keine generelle Geschwindigkeitsbegrenzung für
den Vierwaldstättersee. Eine solche Regelung soll für den ganzen See gelten und muss daher
von den Kantonen um den See gemeinsam erlassen werden.

Anlege- und Gästeplätze neu geregelt
Anlege- und Gästeplätze erlauben es Schiffseignern, auch in anderen als nur den Heimathäfen
festzumachen. Mit der neuen Verordnung soll die Grundlage dazu geschaffen werden,
dass Schiffe in der Regel an ihren Standplätzen liegen. Die Beschränkung des Stillliegens
auf 30 Tage pro Kalenderjahr unterbindet das langfristige Vermieten der Anlege- und Gästeplätze
in den Häfen. Davon ausgenommen sind Schiffe, die "ferienhalber" auf dem See mit
entsprechender Vignette für die Dauer von maximal zwei Monaten auf dem Vierwaldstättersee
zugelassen sind. Die Vignette kann nur einmal pro Kalenderjahr erworben werden.

Nachweis für Domizilboote
Das Strassenverkehrsamt kann Standplätze für Schiffe auf einem Binnengrundstück anerkennen,
sofern dies zonenkonform ist. Die Halterin oder der Halter des Schiffs muss aber die
Grundstücksnummer angeben und nachweisen, dass sie oder er berechtigt ist, auf diesem
Grundstück ein Schiff abzustellen. In der Regel handelt es sich bei diesen Domizilbooten um
kleine Boote und Schlauchboote, die in einer Garage gelagert werden können. Domizilboote
müssen nach Gebrauch aus dem Wasser genommen und neu auf dem bewilligten Standplatz
platziert werden. Diese Änderung ist notwendig, da Domizilboote vermehrt auf den
Parkplätzen rund um die Häfen und auf den Fussgängern vorbehaltenen Flächen abgestellt
wurden.